温州市疾病防控中心是于2000年在原温州市防疫站、原市结核病防治所、原市皮防站、原市健康教育所的基础上合并成立的，由市卫生局主管的具体实施政府疾病预防控制职能的全额拨款的全民事业单位，是温州市疾病预防控制、卫生检验监测、健康教育、科研培训等业务技术的指导中心、信息管理中心、人才培训中心。
温州市疾病防控中心现设职能科室4个、业务科室16个，主要负责全市疾病预防控制技术对策措施的指导及实施，重大疫情和中毒事件的调查控制，疾病监测、流行病学调查，疫苗使用管理、消毒、杀虫、灭鼠技术指导和效果检测评价，职业卫生有害因素监测、调查、控制和卫生学评价，放射卫生场所监测与评价，X机设备性能检测、个人计量检测等。